****拟采购空间转录组学检测与个性化分析项目，现欢迎符合相关条件的供应商积极报名响应。

一、采购项目：

项目名称：空间转录组学检测与个性化分析 项目编号：****

二、采购内容及要求：

（一）采购清单

6只28天造模尘肺病例老鼠肺组织，每两只老鼠肺组织切片合并作为一个样本进行检测；6只正常对照组老鼠肺组织，每两只老鼠肺组织切片合并作为一个样本进行检测；合计6例，拟采用空间转录组学检测并行个性化分析。

（二）技术要求

1.本项目采用空间转录组学检测并行个性化分析。

空间转录组技术旨在对 sports 的基因表达进行定量测量，同时提供 sports 在组织空间的具体位置信息。与传统的转录组技术相比，空间转录组技术能获得sports 在组织生理环境下真实的基因表达特征，以及与微环境的关系，进一步推进对正常和病理状态下 sports 特性的理解。

2.具体操作步骤：

空间转录组实验流程包括新鲜组织处理，样品准备，样品检测、组织优化、文库构建、测序到个性化分析等流程。具体操作流程及技术要求如下：

2.1组织切片制备与质检

对于新鲜冷冻/石蜡包埋样本进行切片、H E 染色、成像，收集多个冰冻切片样本进行 RNA的抽提检测。使用标准技术对放置在 Visium 玻片上的组织切片进行苏木精-伊红(H E)或免疫荧光染色，使用显微镜对染色组织切片进行成像，成功的基因表达可视化。高度依赖于良好的染色和成像。进行后续实验操作需要满足以下两个质控标准：样本组织形态学信息完整和 RNA 无降解（RIN 7），适配 10x Visium1.0 空间转录组，RIN＞4 适配 10x Visium 2.0 空间转录组）。

2.2 透化组织

对组织切片成像后，可使用 Visium 空间基因表达试剂盒捕获新鲜冷冻或FFPE 组织的转录本。Visium 空间基因表达玻片有四个正方形区域或捕获区域，每个玻片最多可运行四个组织切片。每个捕获区域有数千个条形码位点，包含数百万个捕获寡核苷酸，每个位点都有唯一的空间条形码。主要是 OCT 包埋的样本质检合格（RIN＞6）的样本，切片后放置在含有与 mRNA 结合捕获探针的定制载玻片上，并进行固定和透化测试，设置不同的时间梯度来释放样本切片中的 mRNA，并结合到相应区域的捕获探针上，从而原位获取基因表达信息，选择透化效果最好的时间作为正式实验的透化时间。

2.3文库构建

完成透化后的样本进行mRNA捕获，然后对捕获的 mRNA 为模板进行反转录、cDNA 扩增和制备测序文库。

2.4上机测序

对质检合格的文库测序，使用 Illumina NovaSeq 6000 测序平台，采用 PE150 测序模式，推荐每个 spot测100,000 reads。测序深度与样本在载玻片上捕获区域的覆盖面积和样本类型及复杂度有关，适当加大测序数据量可提高基因的检出率。

最后对测序的数据分析，从而确定基因的表达量信息、检测的 sopts 的空间位置信息以及数据分析结果的可视化。直观地展示 spot 聚类分群和 spot 在组织切片上的空间分布以及差异基因的空间分布。

测序要求：测序采用illumina仪器PE150测序模式，数据量大于120G，Q30% 90%，spots点平均reads数量不少于50K。测序后的数据需通过10 Genomics提供的Space Ranger软件进行初步分析，并通过Loupe Browser进行数据可视化。分析内容：标准数据分析：数据处理：基因定量、定量后质控、定量矩阵标准化；spot异质性分析：降维聚类分析、空间特异基因鉴定、空间细胞类型鉴定；基因表达分析：差异基因分析、差异基因富集分析、差异基因蛋白网络类型鉴定；高级分析：spot异质分析（拟时序分析、SCENIC分析、CNV分析肿瘤样本）基因表达分析（GSVA/GSEA分析）、WGCNA分析等。项目要求中标方在提出个性化分析要求的三个月内配合完成测序数据的个性化分析。

（三）服务要求

1 数据报告：交付数据的QC、分析报告及导出的图表数据、组学的原始数据文件。

2成果交付后，乙方提供免费的项目咨询服务。如因乙方原因导致项目失败、服务或产品质量不合格等，乙方承担全部责任并退还已付款。

3项目周期：30个工作日，原始数据保存期限：12个月。 本项目最高限价为：9.8万元。

供应商资质要求：无

三、报价人资格要求：

参加本次采购活动除应当符合《****政府采购法》第二十二条的规定外，还必须具备以下条件：

1、****商行****机关注册并经国、地税登记的法人单位，有能力独立完成招标项目要求的技术及服务，且具有良好的财务状况和商业信誉，营业执照复印件、法人身份证复印件、授权书、登记人身份证原件；

2、投标人如为被授权人，需提供投标单位为其连续3个月缴纳社保证明（不含投标当月），****公司法定代表人，无需提供社保证明；

3、无违反法律、行政法规规定的其他条件；

4、本次招标不接受联合体投标；

5、报价人须是具有相关资质要求的合格供应商。

四、报名时间、地点及联系事项

1、响应时间：2024年10月24日至2024年10月30日，每天上午9：00至11:30，下午14：00至16:30（节假日除外）。

2、响应地址：**市金城路499号****；联系人：姚老师；联系电话：188****1952。

3、投标人将所需资格证明文件（营业执照及法人身份证复印件）加盖公章以电子****中心邮箱：****@qq.com。报名邮件以 公司名称全称+投标项目及编号 形式命名主题，并在邮箱正文处留注联系人及联系方式，否则不予审核。

4.审核结果，将通过报名邮箱告知，报名审核通过者将在报名邮箱中收到响应文件电子版。邮箱报名且通过审核后方可参与谈判，响应文件请密封后于开标当日由投标人携带至竞标现场。

五、成交方式：

按二次报价总价最低者中标的原则确定成交价格和供应商。

六、招标有关信息

谈判时间：2024年10月31日14:00。响应人须按要求按时携带法人身份证原件或授权委托人身份证原件及授权委托书、响应文件（密封并加盖公章）到达指定地点（****1楼1107招标评标室）等候参加谈判，如未能按时参加谈判，则视为自动放弃本次采购活动。

有关本次采购活动方面的问题,可来电咨询。

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2024年10月23日