序号

采购类别

采购项目名称

时间

预算金额（元）

具体要求

备注

1

服务

2024年国家致病菌识别网基因测序服务招标

全年

214500

1、全基因组测序： ★（1）检测内容：基于单菌培样本进行检测，组装出样本的目的菌株的基因组框架图（.fasta文件）及符合致病菌识别网最新要求的加密格式（.cpin文件）。 （2）检测方法：使用二代高通量测序，对样本采用常规文库构建流程，进行深度100X，测序类型PE的测序方法，对样本中的核酸进行测序，再通过软件进行De Novo组装，后进行分析流程。 （3）样本类型：包括但不限于菌悬液、培养平板、瓷株保存管等； （4）检测交付：下机数据能满足上传国家致病菌识别网的数据需求，并协助客户成功将数据数据上传致病菌识别网相关模块；对于检测结果不合格的样品，服务商需免费加测直至成功；应在**本地完成，且实验室应具有生物安全资质，不得转运其他省市。 ★（5）数据交付：包括但不限于：检测报告、单端fastq文件、框架图fasta文件、加密格式cpin文件、基因功能注释分析、CADB分析、PHI数据库分析、CAZy数据库分析、VFDB数据库分析、参考序列比对等；并可根据致病菌识别网要求，针对不同菌株进行分子血清分型及毒力基因的定制化分析流程，包括但不限于沙门菌MLST分析及分子血清分型、肺炎克雷伯菌分子分型、肺炎链球菌型别等定制化分析流程； （6）检测周期：从收取样本到结果发出的时间≤15工作日； （7）采用二代基因测序仪、分析软件； （8）有自主开发的微生物组装及耐药毒力分析自动化分析系统等； ★（9）投标人应具备专业的现场技术支持能力，确保项目进行，提供服务包括但不限于：样本处理及运输、数据下载及上传、数据解读等项目执行过程中遇到的各种问题；投标人应承诺能提供的免费现场技术服务次数≥2次/周。 （10）单个样本下机数据量不低于1G base； （11）生信分析：提供专业生信分析人员，协助处理数据分析过程中遇到的问题，包括但不限于生信分析结果的解释与数据上传等，保障客户数据可以成功上传致病菌识别网。 2、宏基因组测序 ★（1）检测内容：基于样本中的核酸进行检测，测定样本中存在的可疑致病微生物； （2）检测方法：根据宏基因组学方法学原理（metagenomics NGS, mNGS），采用常规文库构建流程，利用高通量测序法，对样本中的核酸进行测序，再通过微生物专用数据库进行比对分析，经过智能化算法获得疑似致病微生物的种属信息，并提供全面深入的报告参数辅助临床诊疗决策； （3）样本类型：包括但不限于血、脑脊液、肺泡灌洗液、痰液、体液、组织等多种样本类型； ★（4）检测交付：下机数据能满足上传国家致病菌识别网的数据需求，并协助客户成功将数据数据上传致病菌识别网相关模块；对于检测结果不合格的样品，服务商需免费加测直至成功；应在**本地完成，且实验室应具有相应生物安全资质，不得转运其他省市。 ★（5）检测周期：从收取样本到报告发出时间≤15工作日进行检测交付； （6）采用二代基因测序仪、分析软件； （7）具有自主开发的病原体数据库，病原种类覆盖12000种以上，包括病毒、细菌、真菌、寄生虫等；具备检测相关的耐药、毒力基因的能力； ★（8）投标人应具备专业的现场技术支持能力，确保项目进行，提供服务包括但不限于：样本处理及运输、数据下载及上传、数据解读等项目执行过程中遇到的各种问题；投标人应承诺能提供的免费现场技术服务次数≥2次/周。 （9）测序数据量特异性序列片段数不低于20M reads，针对不同样本类型：单份粪便/肛拭子/脑脊液样品测序reads数目在20M或以上，肺泡灌洗液/血液样品测序reads数目在50M或以上，痰液/咽拭子样品测序reads数目在80M或以上； （10）数据录入：提供专业生信分析人员，协助处理数据分析过程中遇到的问题，包括但不限于生信分析结果的解释与数据上传等，保障客户数据可以成功上传致病菌识别网。

三方机构负责取走样本

合计

214500