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空间转录组测序

品牌：无

货号/型号：无

规格：基于Stereo-seq平台

1、测序服务内容与要求： a.检测平台：服务商需通过Stereo-seq平台0.5cm芯片方案进行操作； b.测序要求：基于DNBSEQ-T7测序仪（或性能参数不低于此仪器的其他测序仪器）进行测序；策略为双端测序PE100，每个样本测序数据量需大于等于1000M raw reads，原始数据质控预处理软件：Stereo-seq官方软件Saw（或性能参数更加优秀的软件）。测序质量Q30＞80%，Bin200 MID中位数>7000。空间转录组测序捕获点直径<250nm，****中心间距400nm至600nm之间； c.样本包埋：OCT浸润目标组织表面，然后组织与OCT一起速冻包埋。包埋块内无气泡。包埋盒上标注样本方向； d.样本质检：对于 OCT 组织包埋块，在切片时，进行冰冻切片 H E 染色，拍照以及收集多个冰冻切片样本进行 RNA 的抽提。满足以下两个前提，才可进行后续实验操作：样本组织形态学信息完整且 RNA 无降解（RIN≥7）； e.具有对人类或小鼠组织实施Stereo-seq的成功经验，需提供历史数据的分析报告，且对应案例的质控结果满足下述标准：总reads数>1000M reads；Uniquely Mapped Reads＞总reads数的60%；Bin200平均基因type数>4000；Bin200平均reads数＞150k。 2、测序后需提供以下生信分析内容： a.基因定量分析：进行测序数据比对（包括细胞数目统计、reads基因组比对率等内容），细胞分割，图像配准，反卷积注释，组织区域识别，分割细胞核。对细胞分割图像进行调整，并提取调整后的表达矩阵，以cell bin GEF和GEM格式，或其它相似的格式，输出表达数据； b.提供原始数据以及内容不少于Saw软件标准输出的输出文件，整合每个步骤生成分析报告，生成 JSON 格式的结果分析统计报告以及 HTML 网页版分析报告。分析报告包含但不限于基因的空间表达分布、关键统计指标、测序饱和度图、聚类分析结果以及图像处理信息； c.基因功能富集分析：包括GO、KEGG、Reactome、富集弦图、Venn图分析、GSEA富集分析和GSVA富集分析； d.打包高级分析包括：细胞人工定义、空间通讯、空间轨迹分析、拷贝数分析、WGCNA共表达分析以及后期根据采购方个性化需求定制分析。